Program Studi S1 Sistem Informasi berdiri bersamaan dengan berdirinya STMIK Teknokrat yang ditetapkan dengan ketetapan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 13/D/O/2001 tanggal 8 Pebruari 2001. Proses perkuliahan pertama kali dimulai pada 9 September tahun 2001 dan angkatan pertama lulus pada tahun 2005. Program Studi Teknik Informatika terakreditasi pertama kali pada tahun 2003 dengan nilai C dan diperpanjang kembali pada tahun 2006. Pada tahun 2010 Program Studi Teknik Informatika berhasil meningkatkan nilai akreditasinya menjadi B.
Dalam rangka meningkatkan sumbangsih Yayasan Pendidikan Teknokrat dalam meningkatkan kualitas pendidikan di Indonesia, pada tahun 2015 Yayasan Pendidikan Teknokrat berinisiatif untuk meningkatkan kapasitas institusi ketiga lembaga pendidikan tinggi (STMIK AMIK dan STBA Teknokrat). Pada tahun 2015 Yayasan Pendidikan Teknokrat mengajukan usul kepada Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi untuk menggabungkan ketiga lembaga pendidikan tinggi yang diselenggarakan dan berubah bentuk menjadi universitas. Usaha dan kerja keras Yayasan Pendidikan Teknokrat akhirnya mendapatkan hasil dengan direstuinya penggabungan STMIK-AMIK-STBA Teknokrat menjadi Universitas dengan nama Universitas Teknokrat Indonesia dengan Surat Ketetapan Nomor 494/KPT/I/2017 yang mulai berlaku tanggal 19 Januari 2017. Universitas Teknokrat Indonesia menyelenggarakan 3 fakultas meliputi Fakultas Teknik dan Ilmu Komputer, Fakultas Ekonomi dan Bisnis dan Fakultas Sastra dan Ilmu Pendidikan.
Program Studi S1 Sistem Informasi adalah program studi lama pada STMIK Teknokrat. Program Studi S1 Sistem Informasi di Universitas Teknokrat Indonesia berada di bawah pengelolaan Fakultas Teknik dan Ilmu Komputer.
